L'une des principales fonctions de SAHARA est de faciliter et de réaliser des études multi-pays dans un effort de production de nouvelles indications scientifiques sur les approches de la prévention, du traitement et de la prise en charge du VIH/Sida. Les principaux projets de SAHARA sont :

• les orphelins et les enfants vulnérables
• la réduction de la stigmatisation et la réduction du risque comportemental
• la pauvreté et le VIH/Sida
• l’Infection par le VIH chez les enfants
• Des études auprès des ménages sur la prévalence nationale du VIH et sur les risques comportementaux dans quatre pays d’Afrique australe

SAHARA est également active dans les domaines suivants :

• l'intégration des questions d'égalité entre les hommes et les femmes
• le renforcement des capacités des jeunes étudiants
• Journal des Aspects Sociaux du VIH/SIDA.